Eines Abends nimmt sich Chisa das Leben, indem sie von einem Gebäude springt. Ihr Körper ist verloren, doch sie ist nicht tot. Sie nimmt Kontakt zu Lain auf, einem Mädchen, das gerade erst beginnt sich mit der Cyber-Welt "Wired" bekannt zu machen und anfangs keine Ahnung von "Navis" (Computern) hat. Chisas Tod ist nicht der einzige mysteriöse Vorfall, der sich in Lains Stadt ereignet. Die Wired nimmt immer mehr Einfluss auf Lains Leben und schon bald muss sich Lain fragen, ob ihre Existenz real ist. Die geheimnisvolle Gruppe "Knights" scheint darin auch ihre Finger mit im Spiel zu haben.