Nach dem zweiten Weltkrieg wurde Japan in dieser Alternativgeschichte in Nord und Süd aufgeteilt. Der Nordteil wurde Teil der sogenannten Union und der Südteil wurde von den USA annektiert. Die Union hat auf der ehemals nordjapanischen Insel Hokkaido einen gigantischen Turm errichtet, der in den Wolken verschwindet.
Die Schüler Takuya und Hiroki arbeiten in den Ferien in einer Werkstatt, die an der Grenze zur Union liegt. Dort bauen sie ihr eigenes Flugzeug, die Velaciela, um eines Tages zum mysteriösen Turm fliegen zu können. Ein Mädchen aus ihrer Schule, Sayuri, möchte auch gerne mitfliegen. Das ganze Projekt wird aber abgebrochen, als Sayuri ins Koma fällt und von der Regierung zu Forschungszwecken in ein Institut gebracht wird. Sayuri hat nämlich eine seltsame Krankheit: In Halluzinationen und Träumen sieht sie eine einsame Welt und den mysteriösen Turm. Die Forscher haben im Gebiet um den Turm herum übernatürliche Aktivitäten entdeckt und Sayuris Gehirn reagiert auf diese Aktivitäten. Doch Takuya und Hiroki wissen nichts von Sayuris Koma und auch nicht, warum Sayuri eines Tages nicht mehr zu ihnen gekommen ist. Takuya geht nach der Schule in die Wissenschaft und Hiroki wird depressiv. Alles sieht danach aus, dass der Jugendtraum der drei nicht in Erfüllung geht ...