Nachdem die Menschen den letzten intergalaktischen Krieg verloren haben, bleibt ihnen nur noch der Planet Zion und einige künstliche Kolonien im Kosmos. Doch es droht auch der Verlust der letzten Zuflucht: Regelmäßig greifen sogenannte Victims, außerirdische Wesen, den Planeten Zion an und wollen ihn zerstören.
Das einzige, was den Menschen jetzt noch helfen kann, sind die fünf Göttinnen, fünf Kampfmaschinen in Form von Menschen, die von Piloten gesteuert werden.Rei Enna, der sich später Zero nennt, sieht eines Tages, wie die fünf Roboter seine Kolonie vor einem Victim retten und ist seitdem hin und weg von ihnen. Er nimmt sich vor, Pilot zu werden - und zwar gleich vom größten Roboter! Obwohl er sich physisch nicht zum Piloten eignet (ihm wird in der Schwerelosigkeit schlecht), gelingt ihm dennoch die Zulassung zur Pilotenschule, der Goddess Operator Academy. Sein Aufenthalt dort beginnt aber ganz und gar nicht gut, denn durch einen Zufall klettert er in einen Roboter und kommt nicht mehr heraus...