Ein Diclonius ist ein mutierter Mensch mit zwei Hörnern und zusätzlichen unsichtbaren Armen, in denen er sehr viel Kraft hat. Lucy ist so ein Diclonius und wird von der japanischen Regierung in einem Hochsicherheitslabor gefangen gehalten. Als sie innerhalb des Labors verlegt werden soll, passiert dem Wachpersonal ein kleines Missgeschick und Lucy kann sich befreien. Diejenigen, die sich ihr in den Weg stellen, bezahlen mit ihrem Leben. Außerhalb des Gebäudes fällt Lucy ins Meer...Lucy wird am Strand einer anderen Insel angeschwemmt und von den beiden Cousins Yuka und Kota gefunden. Sie kann nicht mehr sprechen und hat ihr Gedächtnis verloren. Sie sagt nur noch "Nyu". Yuka und Kota nehmen Lucy mit zu sich nach Hause und kümmern sich um das scheinbar verwirrte Mädchen. Sie wissen aber nicht, dass Lucy ein gefährlicher Mutant ist, der mit Leichtigkeit seine Fähigkeiten einsetzen kann, um zu töten und außerdem ahnen sie nichts davon, dass die Regierung eine Spezialeinheit geschickt hat, um Lucy aus dem Weg zu räumen...