In der Zukunft können Menschen ihre Seele, den sogenannten Ghost, in einen mechanischen Körper (Shell) unter Benutzung des Netzes übertragen. Die menschliche Seele ist nicht viel mehr als eine Computersoftware. Aus diesem Grund ist der Ghost durch Computerviren manipulierbar. Diese Schwachstelle nutzt der sogenannte Puppet Master aus und bringt Menschen dazu, Aufgaben für ihn zu erledigen. Außerdem gibt er ihnen falsche Erinnerungen und Illusionen.Kotoko Kusanagi von der 9. Sondereinheit, die die Vorgänge im Netz kontrolliert, ist dem Puppet Master auf der Spur. Während sie ihn verfolgt, wird ihr selbst bewusst, dass sie auch manipulierbar ist und, dass ihr Bewusstsein, ein Individuum zu sein, vielleicht auch eine Illusion ist. Außerdem dauert es nicht lange bis Motoko hinter dem Fall "Puppet Master" eine größere Verschwörung entdeckt.