In einer Nacht wird eine Menschenmenge von Mördern überfallen und getötet, bis auf Shinta, einen kleinen Jungen. Er wird von einem Schwertkämpfer, Seijuro Hiko, gerettet. Am nächsten Tag treffen sich beide wieder. Shinta hat alle Leichen von letzter Nacht begraben, obwohl es Menschenhändler und Banditen waren. Fasziniert von dem Jungen nimmt Hiko ihn mit, um ihn die Hiten-Mitsurugi Schwerttechnik zu lehren und gibt ihm den Namen Kenshin.Als Unruhen in Japan herrschen, möchte Kenshin für die Schwächeren kämpfen, trennt sich von seinem Meister im Streit und schließt sich einer Gruppe von Kämpfern an. Von da an tötet er versteckt als Hitokiri Battousai die Feinde der Patrioten, um so ein neues Zeitalter hervorzurufen, in dem Frieden herrscht. Irgendwann bekommt Kenshin wieder einen Auftrag, jemanden zu töten. Eigentlich wäre es Routine, jedoch wird sich nach diesem Auftrag einiges ändern.