Japan ist im Krieg mit einer unbekannten Nation und der Gegner ist stark, weshalb man Menschen zu Kampfmaschinen umbaut. Die erste Kampfmaschine dieser Art ist Lieutenant Colonel Mizuki, die bereitwillig ihrem Vaterland dient und sich nach einer schweren Verletzung im Krieg zur Kampfmaschine hat umbauen lassen. Jedoch ist ihre Technik schon veraltet und, weil sie eine erwachsene Frau ist, stagniert das Wachstum der Waffe in ihr.Das Militär findet in dem Schulmädchen Chise eine geeignete Kandidatin für die neue ultimative Waffe. Anders als Mizuki ist Chise alles andere als kampfbereit und für Politik interessiert sie sich auch nicht. Sie fühlt sich aus ihrem Umfeld herausgerissen und leidet schwer, wenn das System in ihr sie dazu bringt, viele Menschen zu töten. Jedoch entwickelt sich die Waffe in ihr immer weiter und ihre alte Persönlichkeit wird langsam verdrängt.