Auf einer Insel mitten im blauen Ozean leben Menschen in einer paradiesischen Idylle. Die Kinder, die auf der Insel aufgewachsen sind, wissen nicht, dass die Erwachsenen diese Insel zu einem geheimen hochtechnischen Militärstützpunkt mit eigenen Verteidigungsanlangen umgebaut haben.An einem gewöhnlichem Tag wird die Insel von einem goldenen Riesen angegriffen und nur eine Maschine kann ihm trotzen: Es ist ein Roboter der Baureihe Fafner. Der gewöhnliche Junge Kazuki wird aus den Notunterkünften gerufen, um ganz unerwartet den Fafner Mark Elf zu steuern. Sein bester Freund nimmt den Platz als Fluglotse ein und zusammen kämpfen sie gegen den goldenen Riesen.Die Erwachsenen auf der Insel haben begriffen, dass in Zukunft noch mehr Feinde kommen werden und sie beginnen damit eine Menge Kinder zu Fafner-Piloten auszubilden.