Kyon ist jetzt auf der Highschool und es würde ihn eigentlich nichts Interessantes erwarten, wenn da nicht seine exzentrische Mitschülerin Haruhi wäre, die schon bei ihrer Vorstellung in der Klasse sagt, dass sie nichts mit gewöhnlichen Leuten zu tun haben will, sondern sich nur für Außerirdische, Zeitreisende und Menschen mit magischen Kräften interessiert.
Seltsamerweise gelingt es Kyon mit Haruhi ins Gespräch zu kommen, sodass er ihre einzige Bezugsperson wird zwischen all den gewöhnlichen Menschen auf der Schule. Gelangweilt von den angebotenen Schul-Arbeitskreisen, beschließt Haruhi in einem Anflug von Spontanität ihren eigenen Club aufzumachen, um Gleichgesinnte zu finden, die alles andere als normal sind. Kyon ist natürlich gezwungen bei Haruhis Club, der sogenannten "SOS Brigade", mitzumachen. Schon bald haben sie einige außergewöhnliche Mitglieder, die Haruhis Ansprüchen schon fast genügen ...