Als ihr Gatte im großen hylianischen Krieg fällt um den König zu schützen, flüchtet eine junge Mutter in die Wälder und gibt ihren Säugling in die Obhut der Kokiri, den Kindern des Waldes. Kurz darauf verwandelt sie sich in eine Pflanze, denn kein Sterblicher darf in den verlorenen Wäldern leben.
Der kleine Junge namens Link wächst unter den Kokiri auf als wäre er einer von ihnen. Er lernt ihre Sprache, trägt ihre Kleidung und wohnt in einem Baumhaus. Doch eines unterscheidet ihn von den Kindern des Waldes: Er besitzt keine eigene Fee, die um seinen Kopf schwirrt und ihm mit Rat und Tat zur Seite steht. Deswegen wird er immer wieder von den anderen gehänselt.
Eines Tages aber sendet ihm der Deku-Baum, der Schutzpatron der Kokiri, die Fee Navi zu und offenbart ihm ein wohlgehütetes Geheimnis: Das Land Hyrule ist in Gefahr und nur er, der Auserwählte, ist in der Lage das Böse zu bezwingen und Hyrule den Frieden zu bringen.
Link verlässt die Wälder und macht sich auf dem Weg zum Schloss um Prinzessin Zelda zu treffen, doch dies ist erst der Anfang einer gefahrvollen Reise in der er nicht nur durch die Landen Hyrules reist, sondern auch durch die Zeit ...