Kanji Sasahara ist neu auf der Shiiou Universität. Dort lernt man nicht nur, nein, man kann sogar an verschiedenen Gruppen teilnehmen, die sich mit einem bestimmten Thema beschäftigen. Für Kanji fällt die Wahl ziemlich schwer. Bis er sich endlich für die Gruppe Genshiken (Gendai Shikaku Burika Kenkyuukai - Gesellschaft für visuelle, moderne Kulturwissenschaft) entscheidet. Eine Gruppe voller Otakus und Cosplay-Verrückten. Da Kanji sich nicht sehr auskennt, was ein Otaku alles macht, ist er anfangs unsicher. Doch schon bald prägen Anime-Girls und Co sein Leben.
Auch Kohsaka Makoto sucht noch einen Club, allerdings ist Kohsaka bereits ein verrückter Anime/Manga Fan, auch wenn es von außen nicht so scheint. Seine Kindheitsfreundin Saki Kasukabe versucht ihn mit aller Kraft von seiner Otakuness abzuhalten. Als er dann in Genshiken mitmacht, wird Saki Stammgast, trotz ihres Hasses für Anime, Manga und besonders Cosplay.