Einige Jahre nach dem Ende der originalen Story von Nobuhiro Watsuki. Kenshin Himura hat beschlossen noch einmal im Krieg seine Dienste als Samurai durchzuführen. Seine Ehefrau Kaoru Kamiya wartet jeden Tag beim Hafen auf Kenshins Ankunft. Erfolglos. Ihr gemeinsamer Sohn Kenji lernt die Schwertkunst bei Seijuro Hiko, der auch schon Kenshin die Hiten-Mitsurugi Schwertkunst beibrachte. Kenji kannte seinen Vater kaum, da er nach Kenjis Geburt das Haus verließ. Deswegen empfindet Kenji tiefen Hass ihm gegenüber aber möchte ihn dennoch treffen. Die Zeit für Kenshin scheint aber langsam abzulaufen, denn er leidet an einer schweren Krankheit. Noch dazu hat sich Kaoru von Kenshin angesteckt.