Vampire existieren, diese Erfahrung müssen Yuki und Zero schon in sehr jungen Jahren auf bittere Weise machen, denn die Familien beider fallen den Wesen der Nacht zum Opfer. Ohne Eltern werden beide fortan vom Direktor einer neuartigen Schule erzogen, die sie selbst auch besuchen. Dort lernen Menschen und Vampire getrennt in Tages- und Nachtklasse unter einem Dach; auch der charmante, reinblütige Vampir Kaname, der einst Yuki rettete und tiefe Gefühle für sie zu hegen scheint.
Die Ereignisse überschlagen sich, als Zero sich verändert und Personen, wie sein alter Lehrer oder die Vampirin, welche vor langer Zeit Zeros Familie beinahe komplett auslöschte, auftauchen.