Great Teacher Onizuka erzählt die Geschichte von Eikichi Onizuka, 22 Jahre alt, ehemals Leader einer Motorradgang, Absolvent einer drittklassigen Universität, Jungfrau. Nach mehreren Absagen findet er sich bei seiner Lieblingsbeschäftigung, Mädchen unter den Rock schauen, in einem Einkaufscenter wieder. Eine Oberstufenschülerin erwischt Onizuka dabei und im darauffolgenden Gespräch und einem Essen auf seine Kosten, wittert er seine Chance endlich seine Jungfräulichkeit zu verlieren. Jedoch flüchtet sie zu ihrem Freund zurück, der, wie sich heraustellt, Lehrer ist und gut 30 Jahre älter als sie.
Daraufhin beschliesst Onizuka Lehrer zu werden, damit er mit 40 eine 16 jährige Freundin haben kann, jedoch nicht irgendeiner, er will der beste sein - Great Teacher Onizuka!