Ayato und Reika leben im Tokyo der fernen Zukunft. Es ist angeblich die einzige, noch existierende Stadt auf der Welt. Eines Tages wird Tokyo von fremden Flugzeugen bombardiert und Ayato und Reika werden währenddessen von Männern in Schwarz entführt. Es kommt ihnen die Spionin Haruka zu Hilfe und mit ihr fahren sie in den Unterwassertempel von RahXephon. RahXephon ist ein Robotergott, der für die Beherrscher von Tokyo, die Mu, von großer Wichtigkeit ist. Ayato und die anderen entwenden den Roboter, als Ayato und RahXephon eine Einheit bilden. Das ist für die Mu ein großer Verlust!